Начиная с первой версии, движок ALS имеет в своем составе библиотеку js-функций JQuery. Для этой библиотеки существует множество всевозможных дополнительных плагинов, расширяющих и дополняющих ее мощный потенциал и позволяющих создать на странице сайта практически любой визуальный эффект отображения элементов страницы.

Автор движка практически даже ко всем своим шаблонам дизайна подключает библиотеку, используя ее возможности для создания многовкладочных меню, блоков и для прочих нужд.

Работа с Jquery продолжительное время накопила некоторые свои полезные решения.

В соcтаве движка присутствует папка servis/js. В ней хранится библиотека Jquery, настроенный под свои требования плагин Thickbox, управляющий визуальными эффектами отображения графики на сайте и папка с графикой, которую используют в своей работе js-скрипты.
В папке js находятся еще два файла - это собранная автором набор функций (файл conteines.js) и набор стилей (файл conteines.css). Эти два файла - своего рода развивающиеся собственные библиотеки, которые управляют некоторыми визуальными эффектами и функциями движка и его административной панели. Вынос js-функций и стилей в отдельные файлы осуществлен по простой причине - оставить в шаблонах дизайна только относящееся непосредственно к его верстке и что бы исключить необходимость в каждый шаблон вставлять одни и те же фрагменты кода и каждый раз при подключении другого шаблона производить их индивидуальную настройку.
К тому же использование тех или иных js-скриптов - дело индивидуального вкуса, а их вынос в отдельные файлы позволяет легко их отключить при ненадобности. Добавлении же новых функций и их стилей так-же легко решается - их нужно просто добавить соответственно в эти два файла.

Использование js-скриптов непосредственно в шаблоне дизайна или в содержании любой страницы сайта в принципе ничем не ограничивается.
Если скрипт заведомо работоспособный и его функции не будут конфликтовать с уже имеющимися в движке функциями, то скрипт безусловно будет работать в составе движка ALS.

К скриптам необходимо относиться очень внимательно и иметь хотя бы общее представление о их назначении, но это уже совсем другая тема. Автора движка она никаким образом не касается, работоспособность гарантируется только тех решений, которые имеются в составе движка.
Способы, методы подключения и работоспособность дополнительных решений - вопросы абсолютно индивидуальные. Кто что делает - тот за это и отвечает и поэтому вопросов к автору по этому поводу задавать не нужно - они останутся без ответа.